Program Pascasarjana Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Manado memiliki visi pengembangan disiplin ilmu-ilmu keislaman yang berbasis multikultural-transdisipliner dengan sebuah tujuan mulia melahirkan ilmuwan dan ulama yang berkarakter ulurrahmah. Kompleksitas relasi masyarakat dunia yang semakin tinggi menuntut kehadiran nalar baru yang memadukan antara integrasi dan sinergitas. Integrasi ilmu tanpa sinergitas pelaku ilmu akan melahirkan konsep dan metode ilmu pengetahuan yang ahistoris.