Program Pascasarjana merupakan salah satu motor penggerak pendidikan tinggi di lingkungan IAIN Manado. Keberadaan Program Pascasarjana ini bermula sejak tahun 2014 melalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1367 Tahun 2014 Tentang Izin Penyelenggaraan Pascasarjana Program Studi Pendidikan Agama Islam STAIN Manado. Seiring dengan terjadinya alih status kelembagaan dari STAIN Manado menjadi IAIN Manado berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 147 Tahun 2014, eksistensi Program Studi Pendidikan Agama Islam dengan keluarnya Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI Nomor 1506 Tahun 2015 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi pada Program Magister IAIN Manado, yang dikembangkan menjadi 4 (empat) program studi, yaitu Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI), Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI), Program Studi Ekonomi Syari’ah (ES), dan Program Studi Ahwalu Syahsiyah (AS).

Pembukaan Program Magister merupakan wujud komitmen IAIN Manado untuk terus berkontribusi aktif menyiapkan tenaga kependidikan yang bermutu. Hal ini juga didasarkan pada ketersediaan sarana dan prasarana serta sumber daya manusia yang telah memenuhi persyaratan sebagaimana diatur dalam Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Nomor 234 Tahun 2000 tentang Pendirian Perguruan Tinggi, serta mengacu pada Surat Keputusan Dirjen Dikti Depdiknas Nomor 108/DIKTI/Kep/2001 tentang pedoman pembukaan program studi dan/atau jurusan program magister. Selain itu, pembukaan Program Magister juga dilatarbelakangi oleh perkembangan dunia pendidikan dewasa ini yang menuntut adanya peningkatan kemampuan pendidik dan tenaga kependidikan yang profesional dan memiliki kompetensi tinggi.

Berdasarkan dua hal tersebut maka pada tahun 2013 dilakukan need assessment dan studi kelayakan, kemudian pada tahun 2014 disusun proposal pembukaan Program Magister Pendidikan Agama Islam dan diusulkan ke Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Islam Kementerian Agama Republik Indonesia di Jakarta. Akhirnya berkat rakmat Tuhan Yang Maha Esa, keluar Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1367 Tahun 2014 keluar surat izin operasional penyelenggaraan Program Magister Pendidikan Agama Islam. Pada Semester Ganjil Tahun Akademik 2014-2015 mulai menerima mahasiswa baru angkatan pertama.