Berdasarkan visi dan misi yang telah dirumuskan, tujuan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam Program Pascasarjana IAIN Manado yang ditetapkan ialah:

1. Menguatkan dan mengembangkan visi, misi, tujuan dan sasaran, serta strategi pencapaian.
2. Menguatkan dan mengembangkan tata pamong, kepemimpinan, sistem pengelolaan, dan penjaminan mutu.
3. Menguatkan dan mengembangkan kualitas mahasiswa dan lulusan.
4. Menguatkan dan mengembangkan sumber daya manusia.
5. Menguatkan dan mengembangkan kurikulum, pembelajaran, dan suasana akademik.
6. Menguatkan dan mengembangkan pembiayaan, sarana dan prasarana, serta sistem informasi.
7. Menguatkan dan mengembangkan penelitian, pelayanan/pengabdian kepada masyarakat, dan kerja sama.