Keberadaan Program Pascasarjana di Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Manado memiliki perjalanan yang panjang. Pada awalnya, pendidikan pascasarjana diselenggarakan dalam bentuk Kelas Jauh (KJ) atas kerjasama penyelenggara Program Pascasarjana IAIN Alauddin Makassar sejak tahun 2002 s.d. tahun 2009. Namun seiring dengan adanya aturan yang melarang penyelenggaraan pendidikan Kelas Jauh (KJ) termasuk penyelenggaraan pendidikan pada pascasarjana, maka penyelenggaraannya sejak tahun 2009, dikembalikan dan diserahkan kepada IAIN Alauddin Makassar sebagai penyelenggara utama program tersebut.
Alhamdulillah, berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1367 Tahun 2014 Tentang Izin Penyelenggaraan Pascsarjana Program Studi Pendidikan Agama Islam STAIN Manado yang kemudian disusul dengan perubahan status menjadi IAIN Manado berdasarkan Peraturan Presiden RI nomor 147 Tahun 2014, maka secara yuridis penyelenggaraan pascasarjana di IAIN Manado memiliki legal standing secara mandiri.
Seiring dengan terjadinya perubahan status dari STAIN Manado menjadi IAIN Manado berdasarkan Peraturan Presiden RI tersebut, maka untuk memperkuat dan merelevansikan eksistensi Program Pascasarjana IAIN Manado, Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI menerbitkan kembali Surat Keputusan nomor 1506 Tahun 2015 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi pada Program Magister IAIN Manado. Bahkan patut disyukuri bahwa dengan terbitnya Surat Keputusan Direktur Jenderal nomor 1506 dimaksud, Program Studi yang ada pada Program Pascasarjana (PPs) IAIN Manado bertambah menjadi 4 (empat) Program Studi, yaitu:
- Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI).
- Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI)
- Program Studi Ekonomi Syari’ah.
- Program Studi Ahwalu Syahsiyah
Sebagai tindak lanjut dari adanya Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam nomor 1367 Tahun 2014 dan nomor 1506 Tahun 2015 tersebut, maka secara operasional Rektor IAIN Manado menerbitkan Surat Keputusan Nomor: Sti.12/SK/KP.07.6/95/2015 Tahun 2015 tentang pengangkatan Direktur Program Pascasarjana IAIN Manado, yang menunjuk Dr. H. Rivai Bolotio, M.Pd sebagai Direktur Program Pascasarjana IAIN Manado.
